尽管两所高校都是211、双一流高校，部省（区）合建高校。但综合实力来说，新疆大学会更好一些。
实话实说，其实两所高校能够入选211、双一流，或多或少都有一些照顾的成分在里边的。
既然都是照顾，为什么说新疆大学要更好一些？
首先，新疆大学是一流大学B类，而青海大学是一流学科建设高校，而且其一流学科只有一个：生态学。（即使是这个学科，照顾成分也很浓厚）。
尽管说都是双一流，但一流大学和一流学科差异还是很大的。
其次，在2017年的教育部第四轮学科评估中，青海大学共有3个学科上榜：作物学C、草学B-、临床医学C-。成绩最好的也才是"草学B-.",而新疆大学呢，共有16个学科上榜：理论经济学B-、法学C+、政治学C-、马克思主义理论B、中国语言文学B-、新闻传播学C-、数学B、化学B-、地理学C+、生物学C+、生态学C+、机械工程C+、电气工程C+、计算机科学与技术B-、化学工程与技术B-、软件工程C+。尽管说是没有A类学科，但无论是上榜学科数量，还是质量，都要远远强于青海大学。
第三：在校生人数
新疆大学现有各类在校生35899人，其中普通本科生21413人，硕士研究生8906人，博士研究生696人，留学生176人，成人本专科生4708人。
青海大学在校生2.5万余人，其中研究生2850人（含博士研究生206人）、本专科生2.2万余人。
新疆大学无论是本科生，还是研究生人数，都全面领先青海大学。
第四：学科、专业设置
青海大学：学校现有世界一流建设学科1个、国内一流建设学科2个、省内一流建设学科1个；国家二级重点学科1个、国家重点（培育）学科1个；省级一级重点学科12个，省级二级重点学科5个；有一级学科博士学位授权点1个，二级学科博士学位授权点2个，一级学科硕士学位授权点17个，交叉学科硕士学位授权点1个，二级学科硕士学位授权点共计85个；有硕士专业学位授权类别9个，共计50个专业领域；有博士后科研流动站1个；拥有本科专业67个、国家级特色专业建设点6个
新疆大学：现有2个国家级重点学科（中国少数民族语言文学、应用数学），1个国家级重点培育学科（人口、资源与环境经济学），3个双一流重点建设学科（马克思主义理论、化学、计算机科学与技术）；6个自治区级高峰学科， 7个自治区高原学科，3个学科（化学学科、工程学科、材料学学科）进入ESI全球前1%；有14个博士学位授权一级学科、34个硕士学位授权一级学科，12个博士后科研流动站，18个硕士专业学位类别，是新疆高校中学位授权最多、学位授权体系最完备的高校。学校现有95个本科专业，其中招生专业69个；29个国家级一流本科专业建设点，9个省级一流本科专业建设点，10个国家特色专业，18个自治区紧缺人才专业，12个自治区重点专业。
通过简单比较，就不难发现，新疆大学无论是在重点学校数量、博士学位、硕士学位授权学科、本科专业数量等各个方面，都领先于青海大学。
第五：办学条件，新疆大学优于青海大学。
新疆大学：学校分校本部、南校区、北校区三个校区，共占地290.9万平方米（约4363亩）。2019年，新疆大学新校区项目获批建设，该项目位于乌鲁木齐市水磨沟区河马泉新区，规划用地约247万平方米（3711亩），规划总建设面积125万平方米。
青海大学：学校位于西宁，占地3000余亩。
总结一下吧：尽管都是省（区）内最好的大学，但总体来看，新疆大学是要比青海大学好一些的。甚至可以说两所高校差距是比较明显的。