各篇章的故事与游戏相关程度不一：有些篇章与游戏流程较为一致，有些在地图行进路线、挑战道馆顺序、宝可梦联盟等方面略有区别，有些篇章几乎完全原创。
在第十四章之前，主角即宝可梦图鉴持有人的数量与游戏版本严格保持一致（不包括重制版），游戏中获得图鉴的角色不一定对应特别篇中的图鉴持有人（例如修）。
宝可梦图鉴一般可以记录见到的宝可梦的信息，还有一些原创功能。图鉴介绍源自游戏中的各个版本，形象图与文字描述不一定一致。
有些宝可梦的身体大小会比较夸张，典型的案例是阿渡的快龙。
一些在游戏中不能学习飞翔的宝可梦在特别篇中能载人飞行。
例如：小蓝的胖丁和水箭龟、小黄和秀则的巴大蝶、阿金的巨翅飞鱼、大吾的巨金怪、萨奇的宝石海星、弗拉达利的暴鲤龙等。
早期很多游戏设定还不完善，因此出现过许多现在看来有些难以接受的内容。例如阿桔的阿柏怪被斩断，坂木杀死野生的鸭嘴火兽等稍显暴力的画面。
类似这样的暴力内容在之后的篇章基本上较少再出现。
挑战道馆的模式各不相同，有时候是直接与馆主们对战，有时是复杂的擂台战，有时协助馆主即可获得徽章。
出现了原创的管理组织宝可梦协会及其理事长。