他把尼奥打够呛，逼着他恢复过去的功力，最终尼奥爆发出惊人的力量，像核爆一样摧毁了迷你虚拟世界，就连真实世界的医疗设备，都差点烧毁。

尼奥被眼前粒子形态的墨菲斯吓到了，整个肉体完全由粒子构成，但所有动作和真人一模一样。原来墨菲斯的肉身已经死亡，但他的意识与粒子机器合成。刚刚解救尼奥的机器苍蝇和甲虫，其实也是人类意识的机器。

尼奥的肉身已经恢复的差不多，他准备去解救自己的爱人小翠，大家都非常支持。

技术人员追踪到小翠在虚拟世界中的位置，小翠正在骑摩托车，他们带着尼奥重新介入虚拟世界，尼奥来到小翠修摩托车的车间，握住小翠，小翠说她也觉得所处的世界是虚拟的，自己梦到和尼奥被警察围困，她俩骑着摩托车逃脱。

就在这时，小翠突然像沙子一样消失，心理医生再次出现。他根本不是医生，是人工智能在虚拟世界中的化身。

心理医生跟尼奥打赌，只要尼奥能说服小翠，她所属的世界是虚拟的，并且愿意回到真实世界，他绝不会横加阻止。但如果说服不了小翠，那么尼奥的肉身还得回到培养皿，大脑还要连接回虚拟世界。

此时虚拟世界的警察已经将屋子包围，队友不得不带着尼奥暂时撤离。

飞船重新回到真实世界人类的聚居点，墨菲斯请出了人类的长老，人类长老派出了精兵强将，配合尼奥营救小翠。

他们一共派出三艘飞船，兵分三路。墨菲斯和女孩负责营救小翠的肉身。他们偷偷潜入小翠培养皿所在地。在人类合成机器的帮助下，把小翠从培养皿里捞了出来。但此时还不能拔插头，必须要等尼奥在虚拟世界说服小翠。

尼奥约小翠到跟她第一次见面的酒店。酒店里三层外三层挤满了警察和特警，心理医生也等候多时。小翠如约而至，并说自己花了很长时间玩尼奥设计的游戏，一下子回忆起过去的很多事情。

她知道自己以前就是尼奥的女友，可这个时候，她的2个孩子和老公来找她，小翠犹豫了，被老公和孩子拽着往外走。心理医生觉得自己打赌打赢了，让警察把尼奥按在地上，尼奥依然声嘶力竭的呼唤小翠的名字。

也许是因为爱情的力量，走到门口的小翠转身看向尼奥，她的肉身也觉醒了，他呼喊着要和尼奥在一起，小翠老公眼看自己被绿，眼睛也变绿了，被人工智能附体，和小翠打了起来。

尼奥听到小翠的呼喊，小宇宙立即爆发，用手挡子弹，小翠也开始发威。而在真实世界中，队友终于可以拔掉插头了，机器乌贼大军前来捉拿，不过它们来晚了，队友已经带着小翠逃上飞船，营救计划成功。

整部影片看下来，逻辑混乱，剧情支离破碎，有种“就这？”的感觉，这盘冷饭吃的不消化。剧情、武打、场面、特效都一般，不免让人觉得失望。