本篇整理的是1998年Square Enix公司制作并发行的《寄生前夜1》。剧情梗概来自百度百科，游戏对话为本人整理。
游戏的剧本原型来自于同名的日本恐怖小说《寄生前夜》。故事讲述，在人体内提供和控制人类能量的线粒体，在二十万年之后的今日，线粒体终于找到机会，它们知道日本国立大学的生物学专家永岛利明致力研究单细胞和DNA复制生物的技术，于是安排圣美与他认识，让他深深爱上圣美。当圣美嫁给他之后，故意令圣美死于车祸。永岛利明为记念亡妻，将她的肝细胞抽取出来培育，希望延续她的生命，线粒体由此而得到机会自由繁殖。
全作分为六天。
Day 1 觉醒
公元1997年圣诞夜，繁华的纽约处处霓虹闪烁、一片热闹。此时的纽约大剧院即将上演一场高雅的歌剧。纽约市的女警官Aya（阿雅）身着华服和另一个英俊的年轻人一同走入了歌剧院，豪华的剧院内早已座无虚席，众人正倾听着舞台上演员们动情的表演。此时,女主角放声歌唱起来,刹那间舞台上下的众人纷纷自燃起来,剧院变成了火的炼狱。唯独只有Aya不受丝毫影响，身为警官自然拔枪冲上舞台与女演员大战起来。
Aya：“不许动，我是警察！”
女演员：“哦…，你似乎没有受到任何影响…也许你能够被唤醒。你体内的细胞正在相互沟通，他们就要苏醒了！”
Aya：“什么？我感觉到身体正在发热，你到底干了什么？”
女演员：“是共鸣。我们的身体能够彼此够沟通。你越是使用这种力量，你就会与我越像，你有与我相同的力量。”
Aya：“什么力量，你到底是谁！”
女演员：“Eve”，“真奇怪，你居然一无所知，你应该知道。”
此时Aya脑中闪过一间手术室画面，“那是什么？”
被打败的Eve逃向后台，Aya听到警笛增援，出门汇报情况，补给一波后。跳入舞台后面一个洞中，紧随着一个虚无的小女孩来到了剧院的化妆后台。“这孩子好像……”
突然出现一只老鼠，这只老鼠伴随着它的叫声竟然变大了，牙齿突出，四肢爆裂，尾巴伸长（还是看视频的名场面比较好）。“我的天啊，Eve对老鼠干了什么？”几枪干掉一只变身的老鼠后，Aya进到一间化妆间，竟然还有一个小丑演员，通知他撤离后，却听见了一声惨叫。在另一间屋子发现一个奄奄一息的人，说“梅丽莎是…怪..物，一定是她害死了苏珊。”在走廊尽头的左侧房间里,Aya调查了一具烧焦的尸体得到了化妆间钥匙。这把钥匙打开了一间上锁的化妆间，在镜子前发现女演员梅丽莎的日记：
11月3日，圣诞节公演的剧目已经排定。正如我梦想的一样。在12月25日晚上，女主角将在中心公园的露天剧场举行独唱音乐会。我将所有的药都带来了，我一定要成为这次演出的主角。不惜一切代价，哪怕要将灵魂出卖给恶魔。
11月17日，演员名单已经公布了。我和苏珊都是主角的候选人。多么希望最后胜利的是我。不过谁都知道，她的实力要比我强…
11月21日，我想我已经过度疲劳了，我的身体从没有这样热过。我最好吃更多的药。
12月6日，今天排练时我病倒了。在一阵从未有过的灼热后，我失去了知觉。我不在乎会不会因此死去，只要让我熬过这次演出。
12月10日，今天我又晕倒了一次，他们都叫我去看医生，这样下去，很显然苏珊会替代我的。我必须快点好起来，今晚睡觉前我要吃更多的药。
12月11日，苏珊在她公寓火灾中被烧伤了。是因为我一直嫉恨她吗？神啊，请宽恕我吧。
12月17日，看来女主角的位置非我莫属了，我必须坚持服药，希望它们会有用。
12月23日，初演的幕布就要拉开了，到目前为止一切都很顺利。明天我会在这里演出，我们会有很多观众的。不过我身体状况不是很好，我一定要加大服药量熬过这段时间。
Aya：“药？难道她在吸毒吗？”正说着，在日记中发现一把排练房钥匙。
·进入排练房内，梅丽莎说：“我是……梅丽莎,我是…Eve！啊！好热！”Eve：“细胞核的统治结束了。”她砸烂钢琴，手指变成爪子，腿变成尾巴，她飞了起来。“终于……线粒体获得解放的日子来到了。”
Eve认定Aya同类的身份并试图说服她加入自己，Eve:“看来你还需要一些时间，姑娘。直到…你的线粒体拥有完全的自由。”打败变身的Eve，Aya的恍惚中又看见一个白色的房间、病床上的小女孩和一个医生（那个小女孩我好想见过）......清醒过来的Aya来到钢琴后，又一个大洞通往下水道。自然追了下去 ，一直来到下水道尽头，又是那个小女孩领导着Aya进入左面的门，进入大铁门。Aya：“我的…我的身体在发热…!”Eve:“你居然追到这里，你以为平你一个人就能阻止我吗？不过，即使带更多的人来，也都会被烧死，除了你以外。”“为什么除了我以外？”“你以后会明白的，即使你不知道，你的线粒体也知道，我会给你一些时间，思考的时间，进化的时间。总有一天，你会觉醒的。”Eve分解成一团黏糊的物体穿越了背后的铁栏杆，离开了下水道，留下一个从身体上分离出的怪物。战胜它，Aya有些失落的回到早已经被警车重重包围的剧院外，被记者围住，幸好拍挡丹尼尔警官赶来，用警车载走了满脑子疑问的Aya。“线粒体觉醒、解放、神秘小女孩……”
Day 2 融合
丹尼尔调查了梅丽莎的资料：没有亲人、在歌剧院独居，身体不好，常常服用各种药品，但因剧院烧毁，不知道她服的什么药。在这个非常时刻，警察局长让Aya去警局地下武器库领取武器M16，这时警局召开新闻发布会，Aya难以抑制地道出了骇人听闻的真相，令局长大发雷霆，这时一位远从日本得到消息的生物学家正在赶往这里。
Aya和丹尼尔决定先去拜访在博物馆赫赫有名的克拉姆博士。在那里Aya眼前又闪过那间手术室，看见了医生“那个人，我…记得他？”。克拉姆博士为他们解释了一些关于线粒体的概念，“线粒体存在于生物体细胞内，并且它拥有其独特的遗传密码。”
Aya：“…独特的，就像是另一种生物？”
丹尼尔：“就像是寄生虫”
克拉姆：“寄生虫？这个比喻很贴切！但是，我们离开线粒体就无法生存。你知道吗？它为我们提供能量，没有它们我们就会死亡，我们到哪里线粒体就到哪里，例如，我们的大脑，大脑的活动是通过轴突与树突间的电流传递而进行的。这些电流则都是由细胞中的线粒体产生，理论上，1平方厘米的线粒体可以释放出20万伏的电流，不仅是电流方面，线粒体也能够释放同样多的热能。要使人体着火必须达到1600度以上的高温，在每个人体细胞中都存在看数百个线粒体，一旦全身的线粒体同时开始工作的话……大量的能量就会产生并释放出来,人体会在瞬间达到燃点。”
丹尼尔：“博士。你也许是对的，我们离开线粒体无法生存。但，它们仅仅被我们利用来提供能量，不是吗？”
克拉姆：“你不知道，线粒体还控制着生命体的生长。例如我们的手。在胎儿时期，手部仅仅是一团肉而已。但当手指之间的细胞死亡后，各个手指就会形成最终的样子。当组成我们人体的某些细胞，不再被需要时，人体会发出一个自杀信号促使其死亡。而这个促使细胞死亡的信号，就是由线粒体发出的。一旦收到这信号，细胞核内的遗传物质就会被切断而导致死亡。它同样也控制着人体的老化，我们体内的线粒体变异的速度是体内细胞的10倍。一旦变异的线粒体达到一定数量，体内的能量提供水平就会下降，而能量提供水平的下降正是细胞老化的原因。你难道还依然认为，我们是高等的生物吗？”
丹尼尔：“但…但是，你不会是说这一切都是线粒体有意识干的吧。”
克拉姆：“我说过，线粒体是以10倍于细胞的速度繁殖的，这意味着…它也正在以10倍于我们的速度进化着，自从生命诞生的10亿年来线粒体始终存在并进化着，我认为它们具有超越人类的意识并非不可思议。让我告诉你一些事实：曾经有位科学家试图通过测定线粒体的变异速度来确定所有人类的亲源关系，1987年他发表论文说所有的人种都可以追溯到一个共同祖先，远古的一位非洲女性，人类共同祖先的发现震惊了世界。线粒体学说得以在全世界广泛传播，你知道，他们将那位远古的祖先叫做什么。“线粒体·伊夫（Eve）”。很恰当的名字，不是吗？”
Aya:“昨日的犯人…她称自己为Eve。”
丹尼尔：“博士，如果你知道什么的话，请一定要告诉我们！”
“对不起，我刚才没说什么。现在，我必须继续我的研究了。你们最好还是马上离开吧！”
当两人深入追问时，被博士请出了博物馆。回警局的路上, Aya:“那个博士…-我以前好像见过他。”
两人无奈回到警局，因为傍晚Eve在中心公园的新年演唱会将如期举行，而市民都还不知Eve的本来面目，将会有大量市民涌向那里，警局召开紧急大会，丹尼尔得知自己的儿子和妻子正是去了那里后，焦急万分地和Aya赶去。可当他们到达时，灼热的温度显示公园已经被Eve控制了，丹尼尔已经无法进入，只有Aya独自进去了。
剧院内，被Eve控制的人们渐渐融化，合成了一团细胞液体（名场面建议观看，密集恐惧症和非恐怖片观众请慎重）。Aya经过公园大小通道后，终于在公园中心的露天舞台找到了Eve,一路追着Eve，调查了一具尸体后，眼前闪过那个小女孩，非常快，跟着她跑的方向，直到在一辆马车旁碰到Eve。结果被她邀请登上一辆马车，Eve试图说服Aya失败，结果两人在那辆燃烧的马车上大战一场，Aya坠地昏迷了过去......画面又闪到那间手术室，这次她看到了两个小女孩！
这时丹尼尔见到了因去卫生间而躲过劫难的儿子本；警察们正在全城疏散市民，恰好从日本来的生物学家前田抵达了这座恐怖的城市，亲眼目睹了一个人自燃。Aya从昏迷中醒来，原来自己被丹尼尔救了，带到一所小木屋里；前田也被带到这里。
前田向两人介绍了在日本几年前发生的类似事件，原来在日本的那个“最终生命体”因为和宿主的身体有排异反应而失败。听完前田的叙述，Aya忍不住坦白自己可能也会是Eve的同类，心中充满惊疑和不安。
Aya ：“与Eve接触时，不知为何，我体内……”
前田：“你感到你好像要着火一样，对吗？”
丹尼尔：“不对，Aya是唯一不受此影响的人。”
前田：“怎么回事？”
Aya：“我想…我可能是和她一样的怪物。我不知道，我想也许有一天我会杀了你们的…对不起，我现在什么也不知道！”她说一个人静一静，然后屋中剩下了她一个人。
“当我与Eve接触时，我感到玛娅的存在……但玛娅和我母亲都在那次事故中丧生了。不…，这不可能…”
Day 3 淘汰
Aya终于勇敢地走出小屋，准备迎接挑战，和前田对话，丹尼尔驾警车赶来。
因为前田在Aya昏迷时发现她身上有Eve残留下的粘物，所以众人前去博物馆准备使用仪器检测。结果显微镜下发现Eve的细胞果然已经完全被线粒体完全控制；在Aya的要求下，也做了细胞鉴定，发现Aya的细胞中的线粒体与细胞核共存，而且也非常强大，可以与Eve抗衡。
丹尼尔：“为什么Aya的线粒体会具有这样的能力呢…？”
前田：“我不知道。不过，你们了解由理查斯·达瓦克提出的“自私的遗传体”学说吗？简单来说，它表明“遗传物质的运作总是以有利于自身延续为标准的”。
丹尼尔：“我可从来没看过什么科学杂志，说明白些。”
前田：“要看你怎么看它。Eve试图去毁灭与它不同的线粒体。而相对的，Aya的线粒体进化出了与之相抗衡的力量。”
这时博士出现想赶走众人，丹尼尔在办公桌上发现了一张有着自己妻子、儿子的实验名单，愤怒地质问克拉姆，他却抵死不答，众人无奈只好返回警署。
一到警署，众人大惊失色，Eve已经袭击了警署，本和警犬希巴逃到了楼顶，Aya赶了过去，干掉变身成怪物的警犬，救了本和受伤的局长。
Day 4 受胎
丹尼尔代替受伤的局长指挥大局，Aya在警局三楼的实验室实里找到了前田，他认为Eve一定会立即受精诞生出最终生命体，大家决定立即赶往圣弗朗西斯医院的精子库。在路上：
Aya：“在日本出生的那个生物，后来怎么样了？“”
前田：“他死了，和他的那位科学家父亲一起。”
Aya：“为什么会死呢？”
前田：“是由于背叛，完全体中，从父亲处继承的线粒体无法与从Eve处继承的线粒体共存，最产生了肉体的崩溃，进而导致它的死亡。
在医院里Aya见到了姐姐玛娅的虚幻体，一路追过去，却被Eve锁住大门，切断了电源。Aya这时在剩下的几个房间里面寻找能够接通电路的保险丝，接上保险丝，合上开关，电力恢复了，坐电梯回到大厅，从上面的门进去，救出一个医生和护士，结果发现这里正是在常常幻想中的那个病房，从刚才被救的医生口中得知13层有个研究室。
乘电梯来到13楼，发现来晚了一步，进去后在资料室里，Aya发现了在克拉姆博士那里一模一样的一份名单，还有两分残缺的报告：原来在1977年12月23日发生了一起交通事故，Aya的妈妈和姐姐被送到医院，母亲死亡了，姐姐处在休克中......另外一份报告中：演员梅丽莎也在同一天进入医院做了移植手术……
这时发现新的电梯钥匙，Aya乘电梯去了顶楼。
于此同时，海岸边几艘护卫舰和一艘航母已经靠近了城市，舰载战机编队升空飞入城市，原来舰长已经奉命派空军锁定中心公园的怪物，随时准备发起攻击。
来到楼顶的Aya见到了Eve，她正在释放巨大的能量毁灭了在城市上空的战斗机，其中一架燃烧的战机向医院楼顶俯冲而来，Aya无奈从楼顶一侧跃下落到维护架上，回到地面；而Eve已经带着需要的精子成功逃走了。
丹尼尔将前田和Aya带回警局，华纳警官调查到梅丽莎和克拉姆博士有着频繁的接触,众人觉得Eve一定正在找一个安全的地方受胎，决定分头去寻找Eve的踪影。
Day 5 解放
在唐人街，前田在一口地下水道井盖处发现了Eve留下的踪迹。Aya当然下去了，下去后经过2个十字路口，在第3个十字路口往南走到底，到了巨大的通道，登上天桥往里走，终于在机房内见到了那个公园里的巨大生物体，打开开关把怪物从水泵中赶出来，进去跃过无水的水渠，来到了地铁车站。发现怪物朝着市中的博物馆移动。
进入馆内，发现西北方有个人影一闪而逝，一路追下去发现最后一扇门被人反锁了。无奈只好返回去，从另一条路走；最终到靠近整个博物馆中心的铺着红地毯的大客厅，厅内靠北一侧有个控制室，进去关掉报警器电梯可以使用了，这时随着Eve的歌声，博物馆内的恐龙全部复活了，包括那只巨大无比的霸王龙cool。
在二楼，见到一个房间的门半打开，Aya以为是克拉姆博士在里面，没想到是前田在里面正在检查玛娅的血清标本，而丹尼尔去医院查资料了。通过玛娅的血清终于知道了博士的阴谋：博士为了Eve不像日本的那次重蹈覆辙，培养了一种无线粒体的纯精子供Eve使用。这时博士也闯了进来，承认了这一切，盛赞Eve的进化的杰出并企图用手术刀杀死Aya，丹尼尔刚好赶到制服了博士，可是为了不让Aya阻止Eve，克拉姆疯狂地引爆了自己，幸好大伙逃脱及时,Aya从克拉姆的尸体上得到了博物馆的钥匙。用克拉姆钥匙打开对应的的房间，进去后，一条突然复活的恐龙将Aya撞到一楼的空地上，干掉它后，然后那条霸王龙从上面扑下来，再干掉；然后回到刚才用钥匙打开的房间往里走......然后大地震动,Aya则沿着一条布满粘液的楼梯，终于在一个巨大的满是粘液的大厅里见到了大腹便便的Eve，她已经完成受胎了。
整个城市在震动，无数粘粘的物体从下水管道中撞出地面融合成一个巨大的怪物，它直接来到了博物馆伸手带走了丝毫不能动弹的Eve。
Aya失落地走出博物馆，丹尼尔载着她和前田，一路上讲述了梅丽莎的遭遇，Eve其实一直都藏身在Aya的母亲体内，并遗传给了Maya和Aya，然后促使Maya因交通意外死亡，通过肾脏移植手术将宿主换成了体弱多病的梅丽莎，并最终取得了身体的控制权。众人默然无语……
这时接到总统攻击的命令，航母上的战机、直升机编队迅速起飞直扑市中心的巨大怪物。众人站在远处焦急地看着惨剧发生。所有的军队全部在靠近怪物——Eve的守护神后，驾驶员和战机被高温引燃爆炸……
指挥官将Aya等人接到航母上，希望Aya能够用她特殊的能力带领战斗小队去轰掉Eve。Aya勇敢地登上了直升机编队，在队友一个个爆炸后，Aya靠近了Eve,并用特制的炸弹成功地轰掉了守护神，巨大的守护神同自由女神一起四分五裂地散落在地上，当众人在航母上欢呼时，对讲机内却传来Aya的声音：“不，这一切还没有结束。”然后跳伞跃离了直升机，Eve则从黏液中站了起来。
Eve：“我知道一定是你。”
Aya：“玛娅。”
Eve：“一定…是我寄主的名字，我猜是你姐姐。为什么，你要固执地站在人类一边？你拥有进化的力量，为何要帮助这注定灭亡的种族。”
Aya：“人类不会灭亡，如果我的线粒体能进化的话，它将于我共存！它所发展出来的力量将会被用来消灭你！”
Eve：“哈哈…，看来你非常喜欢作为人类的感觉。你不明白人类是多么的可僧吗？人类不仅屠杀这地球上的生物，同时也在不断的屠杀自己的同类。”
Aya：“我们这么做是有原因的！但你这么做又是为了什么？”
Eve：“哈哈，每种生物都有它们的天敌，这使它们保持着适度的数量…。到目前为止人类的天敌一直没有出现。这使得人类能够达到如此的繁荣程度…。你们也许会认为，这样的繁荣是一种历史的必然…事实上并不是这样，我们线粒体一直生活在你们体内，是我们促成了你们现在的繁荣。”
Aya：“什么？”
Eve：“哈哈…，我们线粒体利用你们为我们创造了适应我们生活的完美环境，而人类却变得越来趣依赖这种文明，丧失了那些先天赋予的能力，这真是个完美的计划。”
Aya：“什么？我们人类难道是因为对你们有利才存在的吗！？”
Eve：“事实上，你们人类只不过被我们用来当作交通工具罢了，用来将我们线粒体带到新的、解放的时刻。人类只是种交通工具，但现在不需要了。从今往后，我们线粒体将代替人类统治这个地球。”
一番大战后，美丽的Eve从空中掉下来，渐渐溶解，Aya脑海里全都是Eve对人类的蔑视和鄙夷的眼神……
Aya：“一定有某些线粒体走了一条不同的进化道路。”
Day 6 进化
正当Aya在战舰上休息的时候，海面的另几艘战舰突然爆炸起来，刚才的废墟中传出婴儿哭喊的声音，最终生命体诞生了。
Aya再一次勇敢地留下来面对它，丹尼尔和前田只好坐上了直升机逃生。
Eve从婴儿到成体变四次身，打败了它三次，第四次变身成一个绿色的怪物后，Aya发现自己的武器无法给敌人造成伤害，这时在直升机上的丹尼尔从空中坠下，将刚才前田没来得及拿出的带有Aya血清的子弹扔给Aya，自己则火人般坠入海中，Aya拿到弹夹后也换成了前田在博物馆时给的枪，在弹夹快消耗完时终于打败了敌人。可是敌人却再次变身，而这次Aya只能逃，碰到Eve就会死，从铁门进入休息室，看完船体示意图，来到了战舰的控制室，去控制台打开了自动毁灭开关，Aya在爆炸的瞬间跃入了海中，而Eve留在了火的炼狱中。
故事终于到了圆满的时候，一切恢复了平静，在前田准备返回日本前一天，Aya、丹尼尔、前田和本再一次来到歌剧院欣赏那场没能结束的歌剧演出，这时在新的女主角歌唱时，三个人紧张地站了起来，吸了一口冷气，可是三人刚刚坐下，所有的观众眼睛变成了紫色，这时Aya闭着眼突然站了起来，游戏到此结束。
真结局↓↓↓↓↓↓
Aya来到克莱斯勒大厦第100层，发现一个茧
少女：“不，这不是你的幻觉。我是真实存在的。”
Aya：“玛娅…?”
少女：“……”
Aya：“你不是…玛娅吗？”
少女：“哈哈，你错了。我是最初的Eve。”
Aya：“最初的Eve？什么意思。”
Eve：“梅利莎的线粒体最初就来自于这个孩子的身体。汉克·克拉姆博士将她的眼角膜移植给你，肾脏移植给了梅利莎，移植之后，克拉姆博士为了继续他的研究，培养了她的肝细胞，并且创造了我。就在梅利莎诞生她的完全体的同时，我在这里建造了我的巢穴。这样，如果海利莎或完全体最终失败的话，我的纯统血种就依然能保存下来。”
Aya：“那…，你的身体…。”
Eve：“是你姐姐的。她一直被很好地保存着。”
Aya：“不，这不是真的！”
Eve：“怎么样，想和你姐姐说说话吗？”
Aya：“什么….？”
玛娅：“你，你是谁？”
Aya：“玛娅？”
玛娅：“你怎么会知道我的名字？我爸爸和妈妈在哪里？还有Aya？]
Aya：“你真的是玛娅吗？”
玛娅：“我…、记得我和我妈妈在汽车里…身体变得好热.…我在哪里？我要回家。Aya在等我呢。”
Aya：“我在这里，玛娅。”
玛娅：“热…、好热….”
Aya：“玛娅！”
少女：“……”
Aya：“玛娅！”
Eve：“对不起，打断了你们的重逢。
Aya：“Eve!?”
Eve：“希望这能给你留下美好的回忆。”
Aya：“你离开她！把玛娅的身体还给她！！！”
Eve：“哦？你要向我挑战吗？我这样的纯种体。别忘了，这身体是你姐姐的。”
Aya：“玛娅。”
Aya：“热…又来了，啊！”
（你终于觉醒了！）
Aya：“是什么声音？像是从我体内发出的。”
（这一刻终于来到了！）
Aya：“不！不可以！E…v…e！？”
Eve：“在此之前，玛娅体内的线粒体是进化程度最高的。但是现在，你的线粒体超越了她的线粒体。我现在已经达到了线粒体有史以来的最高水平！”
Aya：“它们之间在展开竞争？！”
Eve：“这就是进化的含义。同一种族间，弱者被淘汰，强者可以生存。人类之间也是一样。所有的知识和技术都被用于这种生存竞争，譬如人类之间的战争就是这种竞争的表现。在动物世界中，它们同样必须为争夺食物和配偶而斗争。”
Aya：“不！快停止！”
Eve：“这不可能！这是场优胜劣汰的斗争，今天将是我获得解放的日子！”
（停止！！）
Aya：“…!?”
（不要！妨碍我！）
Eve：“还有谁！？在这体内？除了你我之外。”
Aya：“玛娅？”
玛娅：“这里,是我和Aya的地方！！！”
Eve：“啊！”
玛娅：“你们快走开！”
Eve：“！不！不可能！”
玛娅：“我…要…”
Eve：“你的细胞核的力量已经…超越了我。”
玛娅：“回家，我一定要回去！”
Eve：“看来，我的意识……”
玛娅：“她在等着我！Aya在等我回家！”
Aya：“我的身体…复原了？和Eve出现以前。和我拥有那些力量以前…一样了。”
Aya：“玛娅…我…一直在等待…等着有一天…你会和妈妈一起回家…我…也一直在寻找…另外的一个自己。我知道，你一直都和我在一起，所有这些日子。”
Aya：“让我们回去吧…回家去。”